Al varend over de rivieren en kanalen is geen enkele modaliteit zich zo bewust van het milieu dan de binnenvaart. Gebruik makend van deze van nature aanwezige infrastructuur heeft vervoer over water de minste invloed op de leefomgeving. Daarnaast heeft de binnenvaart een natuurlijke en blijvende voorsprong op andere vervoersmodaliteiten vanwege haar lagere energieverbruik per tonkilometer. Dit zorgt voor een CO2 uitstoot die tot wel 3x lager is dan het wegvervoer. Toch moet ook de binnenvaart streven naar een verdere vermindering van het energieverbruik en de uitstoot. Want op het gebied van de luchtemissies van zwavel (SO2), stikstof (NOx) en fijnstof (PM10) is er nog veel verbetering mogelijk. In 2016 moet de binnenvaart de schoonste modaliteit zijn.
Hier een toelichting op CO2, NOx, PM10 (fijnstof) en SO2, die een rol spelen in de milieueffecten.
CO2 (kooldioxide) is het belangrijkste broeikasgas en ontstaat bij de verbranding van brandstof. De capaciteit van een vervoerswijze heeft een belangrijke invloed op deze uitstoot. Zeker op dit gebied is de binnenvaart in het voordeel ten opzichte van de andere modaliteiten. Door de grote volumes die de binnenvaart in een keer mee kan nemen, is het brandstofverbruik per tonkilometer relatief erg laag. Het aandeel van de binnenvaart in de gehele CO2-uitstoot van de transportsector in Nederland is slechts 5%, terwijl het binnenvaartaandeel in de Nederlandse vervoersprestatie 35% bedraagt. Vervoer per schip stoot zelf 3 tot 6 keer minder CO2 uit dan vervoer over de weg.
NOx (stikstofoxiden) deze emissie is verantwoordelijk voor onder meer verzuring, ozonvorming (smog) en voor het broeikaseffect. Door schepen uit te rusten met zogenaamde SCR-katalysatoren en roetfilters kan de uitstoot van NOx tot 90% worden gereduceerd.
PM10 is beter bekend als fijnstof. De hoogte van de uitstoot van fijnstof is mede afhankelijk van het zwavelgehalte in de brandstof. Vanaf 2011 maakt de gehele binnenvaart gebruik van een brandstof met een lager zwavelgehalte. De uitstoot van fijnstof zal hierdoor met 17% afnemen. Nog meer van invloed op de uitstoot van fijnstof is het plaatsen van roetfilters. De uitstoot zal zelfs tot 98% teruggedrongen kunnen worden.

De hoogte van de uitstoot van SO2 (zwaveldioxide) is net als bij fijnstof afhankelijk van de hoeveelheid zwavel in de brandstof. Het zwavelgehalte in de brandstof van de binnenvaart ligt hoger dan bij het wegvervoer. Vanaf 2011 zullen de binnenvaart en het wegvervoer dezelfde zwavelarme brandstof geleverd krijgen. Het is dan voor de binnenvaart verplicht deze zwavelarme brandstof te gebruiken, waardoor de uitstoot van SO2 drastisch zal afnemen.
Voor de volksgezondheid zijn NOx, fijnstof en SO2 de meest schadelijke emissies. Vandaar dat de focus van de EU in eerste instantie hier ligt en deze wil men terugbrengen door strengere eisen te stellen. Door het nemen van allerlei maatregelen kunnen de emissies NOx, fijnstof en SO2 tot minimale eenheden worden teruggebracht.
De feitelijke uitstoot is altijd afhankelijk van de hoeveelheid, de afstand en de leeftijd van de motor in het voer- of vaartuig. Schepen en treinen zijn altijd energiezuiniger dan vrachtwagens, omdat ze meer lading per keer vervoeren. Per tonkilometer stoten schepen drie tot zes maal minder CO2 uit dan vrachtwagens. Hierdoor kan ook op de lange termijn voor deze duurzame modaliteiten een aanzienlijk voorsprong op het wegvervoer behouden blijven.
De gemiddelde levensduur van een schip en de motor is in de binnenvaart hoger dan die in het wegtransport. Dit heeft een lagere vervangingssnelheid van bedrijfsmiddelen (zoals de motor) tot gevolg. Een langere levensduur van de onderdelen is ook duurzaam.